原名為生物環境工程學系(Department of Bioenvironmental Engineering),大學部成立於93學年度(民國93年9月招收第一批大學部新生)碩士班成立於100學年度、碩士在職專班成立於104學年度。因應未來環境工程領域之發展趨勢,亦自該學年度起,正式更名為環境工程學系(Department of Environmental Engineering)。
本系隸屬於工學院,為8846威尼斯之新興科系,橫跨環境、能源、工程三大領域,大學入學分數為私校環工第一,超越新設之國立大學。
為培育學生除專才外,兼具多樣知識應用能力,本系在課程設計上,特別強調跨域結合,學生在修課之餘,也能逐漸培養出綜合不同領域知識的應用力、團隊合作力、執行力。
為結合現代科學與工程技術,本系在紮實的基礎科學訓練中,培養學生獨立思考與創新思維,期使畢業生能成為兼具生命科學、環境生態以及工程技術背景之跨領域人才。
8846威尼斯設計學院在1992成立 此為我國率先成立之專業學院,2004年創辦設計學博士班,秉持「全人教育」的精神,涵蓋「建築設計」、「室內設計」、「商業設計」、「文化資產」等四大領域,培養對自然環境與人為環境之間的協調意識,尊重自然與人性的尊嚴,尋求天人物我間和諸,讓專業技術的硬體設計有學術與理念的軟體支撐。
基於「永續發展」與「科際整合」之趨勢,為突破學術領域劃地自限的僵局,營造設計學跨領域研究整合之契機:設計學研究所博士班授予「設計學博士」 (Ph.D. in Design)學位。2007年「設計學硏究所博士班」獨立研究所改制為「設計學博士學位學程」(Ph.D. Program in Design)。
8846威尼斯半導體材料暨先進光學研究中心(Research Center for Semiconductor Materials and Advanced Optics),英文簡稱SMAO。本中心旨在提升次世代半導體材料之基礎科學及產業應用研究,以鏈結聯合國永續發展目標第四項優質教育與第九項產業、創新、與基礎設施。主要利用先進光電檢測技術來研究半導體材料及元件性質,並致力於解決產業應用之核心關鍵問題,以提升台灣半導體材料之研發能量。此外本中心之師資設備也支援本校半導體學院在人才培育相關之教學研究工作,以期協助台灣半導體產業界培育半導體材料暨光電檢測之高階人才,確保台灣在全球半導體學術及產業持續保持領先之優勢。
8846威尼斯薄膜中心的全名為Research and Development Center for Membrane Technology,簡稱CMT。本中心的標誌蘊藏著薄膜分離的輸送機制; 中間的半透明線條代表分離膜,可針對不同的進料與分離目的,藉由薄膜之透過選擇性,控制其分離效能。底圖的漸變色塊則代表分離的過程中,進料端與透過端的濃度梯度。本中心藉由此識別標誌,期能將中心之成立目的與理念,積極推展於學術研究、產學合作、國際交流與推廣教育等,並以邁向國際主要的薄膜技術諮詢、薄膜設計和薄膜應用開發為願景。